Mengutip kalimat KH. Idham Chalid dalam buku Fragmen Sejarah NU”, “arti strategis PMII bagi NU adalah, Kalau NU itu ibarat badan, maka PMII adalah kepalanya. Maka PMII bagi Nu adalah kekuatan intelektual sebagai penggerak pemikiran”.  maka tergambar peran luar biasa yang dimiliki oleh PMII sebagai intelektual muda NU yang tentunya menjadi ancaman bagi lawan NU. 

Menyadari hal tersebut maka Orde baru dengan segala usahanya mencoba memisahkan PMII dari NU agar kekuatan NU melemah dan tentunya jika sudah pisah dari NU, PMII pun akan lemah pula. mari kita inggat, pada masa pemretelan kekuasaan NU yang dilakukan oleh Orde Baru, mereka menghabisi NU dari sisi sosial, politik termasuk ekonomi. Ansor, IPNU, dan Fatayat pada masa Orde Baru dipisahkan dari NU dengan diberi mainan politik di luar. Ansor dan IPNU di ikat dalam kelompok KNPI sedangkan fatayat dan Muslimat dimasukkan ke KOWANI, maka salah satu kekuatan NU yang harus diringkus adalah PMII dengan cara Independensi PMII, hal tersebutlah gagasan dan target yang harus dilaksanakan dan harus berhasil melalui operasi khusus( Opus) yang dipimpim oleh Ali Moertopo sebagai eksekutor menggarap PMII.

alur yang dilakukan oleh Ali Moertopo adalah: Pertama, disebarkannya isu bahwa PMII adalah kelompok intelektual yang bebas dan kreatif. sehingga logika ini akan menyimpulkan bahwa tidak machting dan tidak mungkin bisa berjalan dengan kelompok tradisional dan konservatif( yang dimaksud adalah NU). sehingga jika diuraikan dalam kalimat lain, jika PMII ingin maju dan berkembang, dan sejajar dengan intelektual tanpa adanya tekanan politik dan kungkungan para ulama’ konservatif, maka PMII harus keluar dari NU. dan jika PMII keluar dari NU maka PMII akan diintegrasikan dengan intelektual dan cendekiawan lain tanpa ada sekat politik, primordial sehingga PMII akan menjadi intelektual yang bebas merdeka. Kedua, sesuai dengan teori pembangunanisme ala Orde Baru yang memiliki prinsip modernisasi. NU sebagai organisasi yang dituduh tradisional merupakan musuh pembangunan, karena tradisional berlawanan dengan modernitas. dar karena itu pula, PMII didorong untuk keluar dari NU agar PMII menjadi organisasi modernis, dinamis, dan kritis, serta sejajar dengan gerakan mahasiswa yang lain, yang berdiri sendiri sesuai aprisiasi dan dinamika kepemudaan.

Banyak kalangan yang menolak pemisahan PMII dari NU saat itu, karena diakui atau tidak, PMII saat itu merupakan organisasi yang maju walaupun mereka bersama para Kyai yang menurut Orde Baru adalah kelompok tradisional. Para Kyai pun tidak pernah membatasi gerak pemikiran PMII, sehingga tidak ada masalah selama PMII mengikuti NU.

Secara tidak sadar, propaganda yang dilakukan oleh opsus Ali Moertopo dan kawan-kawan mulai masuk kepada logika para kader PMII ditambah janji jatah menteri dan posisi penting jika PMII Independen, dan akhirnya berhasilah Orde Baru memenggal kepala NU sehingga NU kehilangan kelompok pemikir yang selama ini dibanggakan. dan akhirnya setelah keluar dari NU, PMII justru tunduk dan tidak bisa berkutik dihadapan Orde Baru, bahkan janji menteri dan posisi di pemerintahan hanya sekedar janji belaka, malah akhirnya PMII diringkus dalam wadah organisasi kepemudaan KNPI.

Akhirnya PMII kehilangan NU dan NU kehilangan PMII. Karena keputusan Indpenden ini, kadang dipahami oleh kader PMII sebagai langkah strategis. seharusnya warga pergerakan PMII sadar bahwa: Pertama, pemikiran Independensi PMII adalah manipulatif yang tidak akan membawa manfaat bagi NU dan PMII. Kedua, sadar bahwa ini adalah proses deNU-isasi yang dilakukan Orde Baru yang merupakan rezim Komprador dan akan selalu menyingkirkan kekuatan besar yang dianggap menghambat kepentingannya. saat itu… NU dan PMII merupakan korban Oerde Baru bersama korban-korban yan lainnya. 

Dan jika pada muktamar 33 Jombang menegaskan bahwa PMII kembali menjadi Banom NU, adalah sebuah langkah maju untuk tidak lupa pada sejarah bahwa keluarnya PMII dari NU adalah pemikiran manipulatif Orde Baru untuk melemahkan PMII dan NU( bukan langkah strategis), Masuknya PMII merupakan pemikiran visioner untuk memperkuat PMII dan NU sehingga menjadi satu kesatuan ibarat NU adalah tubuh dan PMII adalah kepalanya seperti awal mula PMII berdiri dan didirikan oleh para Mahasiswa NU. Tidak usah  lebay, kembalinya PMII menjadi Banom NU, bukan karena “menimbang anak yang hilang”. Memiliki siasat itu harus, tapi Sadar siasat lawan itu penting.